Els magatzems han de ser tractats de la mateixa manera que els vestuaris, com una barrera entre la fàbrica i el exterior. En qualsevol cas, l'alta rotació de productes i moviments que es produeixen en el seu interior provoca grans quantitats de pols o brutícia que flota per l'ambient i les superfícies en forma de partícules. Per a la neteja d'aquests espais, recomanem qualsevol netejador o desinfectant adequat a les característiques de cada superfície i draps de teixit no teixit.

L'expedició d'alguns productes com, per exemple, els procedents de la indústria química, pot requerir l'ús de mascaretes per a una major seguretat dels usuaris. Altres com, per exemple, aquells que provenen de la indústria tèxtil o la indústria manufacturera, poden requerir l'ús de guants per evitar alteracions en el producte final.

La rotació de producte i altres elements que trobem en un magatzem provoca una gran quantitat de pols i brutícia que, en cas de propagar-se per l'ambient pot arribar a afectar el producte final. Com a mesura de prevenció, es recomana que els operaris mantinguin les seves mans netes. Per a una desinfecció eficaç en qualsevol moment i en qualsevol lloc podem optar per gels hidroalcohòlics.

Als magatzems s'acumulen residus de tot tipus i en grans quantitats. Pel seu rebuig, disposem de contenidors industrials i bosses d'escombraries de gran mida en diferents colors, perquè així puguem portar a terme una selecció dels residus.